De jaren veertig, de oorlogsjaren. Een tijd met veel spanning en ook gebrek aan van alles. Jaren waarin het voetbal uiteindelijk geheel stil komt te liggen. Maar de jaren veertig zijn ook jaren van opbouw, van een fusie met de gym en de verhuizing naar het terrein waar in 2007 nog steeds wordt gevoetbald.
Ook voetbalvereniging Berkhout ontkomt niet aan de gevolgen van mobilisatie en bezetting. Penningmeester Dick Wit jr. wordt opgeroepen en de clubfinanciën worden tijdelijk ondergebracht bij het secretariaat. Na de capitulatie neemt Wit het weer over.
Aanvankelijk lijkt alles gewoon door te gaan. Maar het duurt niet lang of de beperkingen van de oorlog worden voelbaar. Dirk Koster van café De Roode Leeuw, die de thee verzorgt voor de voetballers, meldt dat er geen thee meer te krijgen is. Ook de ranja raakt op.
Door de oorlog, de arbeidsdienst en tewerkstelling in het buitenland zijn veel mannen weg. Zoals voorzitter Peetoom vaststelt op 31 juli 1943: ‘dat we weer enkele bekende gezichten moeten missen en woorden als werk in het buitenland en arbeidsdienst voor ons de uitspraak alleen reeds schrik inboezemt.’ Hij spreekt dan de wens uit dat de vereniging zich zal kunnen handhaven tot er betere tijden aanbreken.
Met het materiaal wordt het behelpen. Zo moeten er vijf ballen gerepareerd worden. Dat betekent in die tijd nogal wat. En het gebrek aan materiaal wordt helemaal voelbaar, als er in februari 1943 een orkaan over Berkhout gaat en de ‘kleedkamer’ (het veldboetje aan de Slagterslaan) omwaait.
In het seizoen 1947-1948 is het land van Dirk Wit niet langer beschikbaar. Het bestuur slaagt erin voor tweehonderd gulden per jaar een stuk land te huren van de familie Haringhuizen, pal achter café Ridder. De vereniging pakt de aanleg van het nieuwe veld grondig aan. Er wordt geploegd, gezaaid, gewerkt en de openingswedstrijd wordt gespeeld door Ajax en West Frisia. De wedstrijd eindigt in 3-3. Na strafschoppen is Ajax de winnaar.